Segons l'estatut del Tribunal de Nuremberg, els crims de guerra es defineixen com "violacions de les lleis i costums de guerra comprenent sobretot l'assassinat, els mals tractes o la deportació per a treballs forçats o per a una altra finalitat, de poblacions civils en territoris ocupats, l'assassinat o mals tractes de presoners de guerra, l'execució d'ostatges, el pillatge de béns públics o privats, la destrucció sense motiu de ciutats i pobles o la devastació injustificada per les exigències militars".
Durant tota la guerra, el FPR va usar mètodes contraris als usos i costums de la guerra i a les convencions internacionals pertinents, sobretot les Convencions de Ginebra de 12 d'agost de 1949.
El FPR va fer molts actes de terrorisme, sobretot des dels novembre de 1990, quan va optar per l'estratègia de la guerrilla. A la frontera amb Uganda, el FPR va destruir amb bombes pobles sencers, escoles, dispensaris, després d'haver exterminat a la gent, alguns dels quals morien després de les tortures inhumanes a què eren sotmesos. Els que podien escapar-se estaven obligats a exilar-se cap a l'interior del seu propi país. Sovint, el FPR els perseguia i destruïa els seus camps. Els supervivents eren deportats a Uganda o en camps de concentració, on se'ls forçava a treballar per a la col.lectivitat(38).
En el seu informe datat l'octubre de 1994, Amnistia Internacional(39) identifica, al menys, cinc mètodes de tortures i d'assassinat que el FPR utilitzava contra els seus presoners i les poblacions civils:
1.- Kandoya o mètode dels "tres lligams", importat d'Uganda i que el Major Paul Kagame (actualment General, Vice-President i Ministre de Defensa del Govern del FPR a Kigali) hi era afeccionat quan torturava els seus presoners en la seva qualitat de cap dels serveis de seguretat militar de l'exèrcit ugandès. Per a Amnistia, aquest mètode "és un tractament cruel, i inhumà o degradant, prohibit pels tractats internacionals relatius als drets de l'home. Deixa, de vegades, seqüeles definitives(40).
2.- Assassinat col.lectiu de poblacions, convidades en els mítings o tancades en locals, on hi tiraven bombes o granades.
3.- Assassinat amb baioneta.
4.- Assassinat amb objecte contundent i particularment amb petites aixades de mànec curt (AGAFUNI), garrots clavetejats i matxets.
5.-Cops etzibats al cap(41).
A aquests mètodes, hi caldria afegir l'antropofàgia que alguns combatents del FPR, sobretot mercenaris, utilitzaven per a encoratjar-se.
El terrorisme del FPR no es limitava a zones frontereres del país, sinó que també s'estenia a l'interior, lluny de les zones de combat. El FPR ha comès, així, atemptatas innombrables, sobretot amb granades o amb mines anti-personals o anti-carro, en moltes localitats de Rwanda. El Procurador de Kigali, Nsanzuwera François Xavier, va comptabilitzar, entre juliol de 1991 i desembre de 1992, trenta-sis atemptats(42).
L'explosiu plàstic fallat de la central de Mururu (Cyangugu -sud-oest de Rwanda), així com la intercepció de còmplices en possessió de bombes, va permetre d'identificar els instal.ladors d'aquests enginys de mort, o sigui els membres del PL ala interior del FPR i agents especials del FPR.
Molts altres atemptats es van realitzar el 1993, malgrat l'alto-el-foc, igual que el 1994. Es pot assenyalar sobretot la voladura de la seu nacional del CDR a Gisenyi, l'atemptat contra el Dr. Higiro, membre del Comitè Executiu del CDR, resident a Nyanza, l'atemptat contra escolars a la prefectura de Gitarama (Taba)...
El FPR recorria sovint a la tortura i al terrorisme, tot i la seva prohibició pel dret humanitari, amb la finalitat de "paralitzar la voluntat de defensa"(43) de l'adversari.
Una tal violència sistemàtica buscava "impressionar a la població i crear un clima d'inseguretat" i de revolta, favorable a la rebel.lió.
A més del terrorisme i la tortura, el FPR feia servir d'altres pràctiques prohibides, com les represalies contra les poblacions civils, actes cruels i degradants contra els presoners, l'assassinat de presoners i ferits, la perfídia, com podia ser la utilització d'uniformes militars de les forces governamentals arran dels atacs, o disfressar-se com pacífics camperols...
El FPR, els oficials, els sots-oficials i els homes de tropa del seu exèrcit, així com els de la NRA aliats amb ells, han de respondre de tots aquests crims de guerra que han comès entre el 1er d'octubre de 1990 i el 19 de juliol de 1994, data en què ells van declarar un alto-el-foc unitateral, a falta d'adversaris militars. Des de llavors, ells han continuat descarregant els seus instints de venjança i la seva crueltat inhumana sobre les poblacions civils sense defensa pel simpler fet que són hutu i que per aquest fet, són sospitosos d'haver participat a les massacres dels tutsi.